En Auvergne, le réseau Natura 2000 est situé dans la zone continentale et comprend 95 sites qui couvrent plus de 420 000 ha, soit près de 14 % du territoire régional dont :
- 83 sites en ZSC au titre de la directive Habitats. Ils couvrent près de 4 % de la surface de la région Auvergne, soit plus de 96 000 ha.
- 12 sites en ZPS au titre de la directive Oiseaux. Ils couvrent près de 14 % du territoire, soit plus de 360 000 ha.